Достаточно создать скрипт, который будет подключаться к mldonkey на management-порт и передавать ему команды через netcat.
Скорость выставляется в килобайтах. Строчка crontab выглядит следующим образом:

5 8,16,23 * * * /opt/scripts/mldonkey.sh >/dev/null 2>&1

Собственно, сам скрипт:

#!/bin/sh
NC="/bin/nc"
HOUR=`/bin/date +'%H'`
case "$HOUR" in
    08)
sh -c "$NC 127.0.0.1 4000 <<EOF
set max_hard_download_rate 200
set max_hard_upload_rate 350
q
EOF" > /dev/null
    ;;
    16)
sh -c "$NC 127.0.0.1 4000 <<EOF
set max_hard_download_rate 100
set max_hard_upload_rate 250
q
EOF" > /dev/null
    ;;
    23)
sh -c "$NC 127.0.0.1 4000 <<EOF
set max_hard_download_rate 400
set max_hard_upload_rate 500
q
EOF" > /dev/null
    ;;
    *)
    exit;
    ;;
esac